In der Praxis haben sich einige Desinfektionsmittel bzw. –chemikalien bewährt. Es dürfen jedoch nur Mittel eingesetzt werden, die in europäischen Normen oder nationalen Normen festgelegt sind (DIN EN 806-4).  Das DVGW Arbeitsblatt W 291 „Reinigung und Desinfektion von Wasserverteilungsanlagen“ beschreibt die gängigen Desinfektionschemikalien für die Anlagendesinfektion. Unter anderem finden sich hier Stoffe wie Wasserstoffperoxid, Chlordioxid oder Natriumhypochlorit. Für die Desinfektion von Standrohren bieten Hersteller vorrangig Mittel auf Wasserstoffperoxid-Basis an. Die vom Umweltbundesamt herausgegebene Liste der Aufbereitungsstoffe und Desinfektionsverfahren gemäß §11 der Trinkwasserverordnung enthält eine Liste der Aufbereitungsstoffe, die zur Desinfektion des Wassers selbst eingesetzt werden dürfen. Hier finden sich Stoffe wie Calciumhypochlorit, Chlor und wiederum Natriumhypochlorit. Somit kann Natriumhypochlorit für die Desinfektion von (Trink-)Wasser und für die Desinfektion von Anlagen verwendet werden.

Eine Standrohrdesinfektion mit einem Mittel auf Natriumhypochlorit-Basis unterscheidet sich von anderen Desinfektionsverfahren in der Vorgehensweise und dem Zeitaufwand. Bei der Desinfektion mit herkömmlichen Mitteln auf Wasserstoffperoxid-Basis muss nach der Einwirkzeit mit ausreichend Trinkwasser nachgespült werden, um jegliche Reste des Mittels zu entfernen. Wasserstoffperoxid ist sehr aggressiv und kann bei Restbeständen in der anschließenden Lagerzeit das Material angreifen. Nach der Spülung muss das Spülwasser auf dem pH-Wert hin überprüft werden, um sicherzugehen, dass alle Restbestände ausgespült worden sind. Erst bei einem pH-Wert von 7 kann sichergestellt sein, dass das Wasser sauber ist. Jedoch kann nicht mit Gewissheit festgestellt werden, ob die Verweildauer des Desinfektionsmittels ausreichend war, um das Standrohr komplett zu desinfizieren. Pro Standrohr werden ca. 2 Liter des reinen Desinfektionsmittels verbraucht (Füllmenge), was sich vor allem in den Kosten widerspiegelt. Wird eine verdünnte Lösung verwendet, dauert die Desinfektion entsprechend länger.

Eine Desinfektion mit einem Mittel auf Natriumhypochlorit-Basis wird mit dem dynamischen Verfahren im Rahmen einer Spülung durchgeführt, da Verschmutzungen oder Verkeimungen so direkt heraus gespült werden.  Das Mittel wird über eine Dosierpumpe ins Spülwasser gegeben (Verhältnis 3% = 3ml/Liter). Die desinfizierende Wirkung kann über den Redox-Wert des Spülwassers gemessen werden. Die Redox-Spannung [mV] ist ein Maß für die keimtötende und oxidative Wirkung von Desinfektionsmitteln im Wasser. Die Spannung ist abhängig vom Konzentrationsverhältnis Oxidationsmittel zum Reduktionsmittel (z.B. organische Verunreinigungen). Je höher der Redox-Wert des Wassers, desto niedriger die Verunreinigung. Beim Desinfektionsvorgang wird die Armatur so lange gespült, bis das Wasser einen Redox-Wert von 650mV – 700mV aufweist. Bei diesem Wert sind das Wasser und so auch die Armatur nachweislich keimfrei. Sollte der Wert noch nicht erreicht sein, arbeitet das Desinfektionsmittel noch so lange, bis der letzte Keim abgetötet ist und die Spannung von 650mV – 700mV erreicht wird. In der Regel dauert dieser Prozess zwischen sechs und zehn Minuten je nach Umgebungsvoraussetzungen (Trinkwasserqualität, Reinheit der Leitungen, etc.). Da nur sehr wenig des Desinfektionsmittels benötigt wird, können mit ca. 20 Litern 20 bis 40 Standrohre nachweislich desinfiziert werden. Bei der Verwendung von Mitteln auf Natriumhypochlorit-Basis können Keime keine Resistenzen bilden, da das Mittel sofort wirkt und keine Befüll- bzw. Verweildauer in der Armatur benötigt wird. Bei einer Befüllung mit Mitteln auf Wasserstoffperoxid-Basis können Keime während der Verweildauer des Mittels in der Armatur Resistenzen gegen das entsprechende Desinfektionsmittel bilden.